Sciences et Technologies de l'Information
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Asti-Hebdo
: Vous intervenez, à la journée Asti 2001, au cours de
la session "Apports et relations des sciences de l'information aux
connaissances scientifiques". Comment vivez-vous la relation de votre
discipline, la bio-informatique, avec l'informatique ?
Christian Gautier : On pourrait penser que l'informatique n'est pour nous qu'un outil : calcul, stockage des données, analyse des données, navigation dans les données. Mais j'ai toujours pensé, et dit, que la relation ne doit pas s'arrêter là.
Notre équipe de « Biométrie et biologie évolutive », s'intéresse principalement au génome et à son évolution, non seulement de manière locale (un gène et la protéine associée) mais aussi avec le fonctionnement global de tout le génome. Le fil rouge de nos travaux, c'est le style d'écrire propre à chaque génome. La possibilité d'un style naît du fait que la fabrication d'une protéine donnée peut être déclenchée par plusieurs messages (suite codons) différents.
Notre premier problème a donc été de créer une base de séquences (chaînes dans un alphabet à quatre lettres) pour y appliquer des moyens de calcul. Il s'est vite avéré indispensable de développer un système de base de données spécifique. En revanche, les outils standard de l'analyse de données nous ont suffi à valider notre hypothèse de départ : chaque génome a bien son style. Et, même au sein d'un génome donné, les gênes qui produisent beaucoup de protéines sont mieux optimisés que ceux qui en produisent moins.
Hebdo : Continuez-vous à développer des outils spécifiques ?
C.G. : Oui, par exemple pour la manipulation des arbres. En effet, la biologie évolutive, nous conduit à reconstruire l'arbre phylogénétique des espèces (NDLR : en clair, l'arbre généalogique des espèces vues sous l'angle de leur génome). Nos bases de données (ou de connaissances, si vous préférez) contiennent aujourd'hui des milliers d'arbres. Nous voulons pouvoir y appliquer des requêtes et des calculs (processus de Markov, par exemple).
Or ces arbres ont des caractéristiques particulières qui posent des problèmes mathématiques difficiles (par exemple, non homogénéité des processus de Markov). Nous coopérons donc actuellement avec l'Inria (Grenoble) pour développer un système de requête d'arbres, qui pourrait répondre à des questions comme :
Un autre exemple est l'analyse de la position des gènes sur un génome, c'est à dire la cartographie génomique. Les cartes entre espèces ne sont pas facilement comparables et dans une même espèce plusieurs systèmes de cartographie existent, par entièrement cohérents entre eux.
Plus généralement, nous avons besoin de naviguer dans des univers de représentations de plus en plus compliquées, pour déboucher sur une cartographie comparée des génomes. Cette cartographie permettrait notamment d'enrichir les cartes d'un type d'organisme par celles d'autres types. Le séquençage coûte cher, en effet. Il serait intéressant, par exemple, d'utiliser pour le blé les importants travaux menés en ce moment sur le riz.
Hebdo : Mais il s'agit toujours d'outils informatiques. La coopération peut-elle atteindre un niveau plus élevé ? Ne peut-on espérer que votre connaissance des langages du génome pourrait donner de bonnes idées aux concepteurs de langages de programmation ?
C.G. : Nous n'en sommes pas là. On pourrait même dire, dans l'état actuel de nos connaissances, que la nature a réinventé tous les défauts de la programmation informatique, avec une évolution largement appuyée sur des "verrues" (pour parler comme un informaticien), avec énormément de segments de codes qui semblent ne servir à rien. Dans le génome humain, par exemple, 95% ne semblent pas porter d'information utile.
Notre problème commun, avec l'informatique, est celui de la modélisation. Nos besoins de cartographie nous conduisent à développer des formes adaptées d'UML, dont la simplicité d'écriture convient bien à nos travaux.
L'intérêt de la modélisation informatique par rapport aux mathématiques c'est (ne le prenez pas négativement) sa relative faiblesse. Dans certains domaines, la modélisation mathématique est liée à des théories trop fortes, porteuses de contraintes trop lourdes. Avec l'informatique, on perd en richesse de théorèmes, mais on gagne en légèreté pour modéliser des objets compliqués. De notre point de vue, les deux formes de modélisation sont donc complémentaires.
Yves
Lecourtier reconduit à la présidence des
présidents de l'AstiLe dernier Conseil des associations fondatrices de l'Asti a de nouveau confié sa présidence à Yves Lecourtier, président du GRCE, Groupe de recherche en communication écrite, université de Rouen.
Malik Ghallab (à droite sur la photo) remercie Yves
Lecourtier de son travail pour l'Asti et le félicite de sa
nouvelle élection.
Dans son discours aux présidents d'universités, le 18 janvier, le ministre de la Recherche a dit "tenir particulièrement à coeur" la valorisation de la recherche et le développement de l'innovation. Citons le passage-clé :
"Votée à l'initiative de Claude Allègre, la loi sur l'innovation et la recherche a constitué un progrès essentiel à cet égard. La quasi-totalité des décrets d'application de cette loi a été promulguée, ce qui donne aux enseignants-chercheurs des possibilités nouvelles pour créer une entreprise innovante, et permet aux Universités de participer plus facilement à des filiales et à des groupements.
Toutefois, il reste à mettre en oeuvre le décret sur les services d'activités industriels et commerciales. Un travail important a été effectué depuis le mois d'avril dernier, à ma demande, afin de bien évaluer les conséquences fiscales de la création de ces SAIC pour éviter toute difficulté d'application. Ce travail touche maintenant à son terme, et vous devriez être saisis d'ici la fin du mois de février d'un premier projet.
Plus immédiatement, je suis très attaché au développement des Equipes de Recherche Technologique qui montrent l'importance des universités dans le développement de la valorisation. Je sais par ailleurs que vous êtes sur le point de signer avec l'Anvar une convention de partenariat qui organise des échanges de savoir faire, d'informations et d'hommes afin de développer la valorisation dans les Universités.
La direction des Finances du CNRS donne un aperçu des principaux chiffres clés du budget du CNRS pour l'année 2001.
Ils indiquent l'origine des ressources de l'établissement, la répartition des moyens par destination et des moyens des unités des départements scientifiques et instituts. Les passionnés, ou les plus concernés, les compareront aux données chiffrées du budget 2000.
Internet Actu du 22 janvier présente Cybook, autrement dit l'e-book franco-français créé par la société Cytale est proposé pour 5.690 F TTC. Il contient 30 livres de 500 pages sous forme d'une ardoise grise de 21 sur 16 cm et pèse 900 grammes. Voir le détail du projet sur le site de Cytale
L'archivage sans papier a maintenant son cadre législatif et normatif. La loi du 12 mars 2000 a légalisé non seulement la signature électronique mais plus généralement la valeur juridique de l'écrit électronique, déjà prévu par la loi du 12 juillet 1980 (article 1348.2).
Ce cadre comportait des lacunes, qui se trouvent comblées en pratique par la norme NF Z42-013 (et le sera encore mieux dans la prochaine version de la norme, actuellement en projet).
Enfin, la MTIC (Mission interministérielle de soutien technique pour le développement des technologies de l'information et de la communication dans l'administration) vient d'y ajouter un guide de mise en oeuvre que l'on peut télécharger à partir de son site.
Bien que visant principalement les "téléprocédures" (formalités administatives dématérialisées), ces dispositions concernent les chercheurs en informatique à de nombreux titres :
Le guide recommande notamment :
Virginie Blanquart, du réseau Renater, communique les perspectives de sa version 2bis : jusqu'a 2.5 GBit/s par région, 80 Gbit/s entre les NRD franciliens. Les détails dans le dossier de presse.
A consulter aussi, la carte de la disponibilité des liaisons de Renater 2 (partie metropolitaine) en temps réel.
L'Unesco a mis en ligne un portail réunissant les bibliothèques les plus importantes de la planète. Ce "Unesco Library Portal" est voué à devenir un point névralgique de la recherche documentaire sur Internet. Il diffusera également un agenda des principales manifestations culturelles et scientifiques. (D'après Internet Actu du 25/1/2001).
Le bulletin no 46 de Specif vient de sortir. Au sommaire :
Le premier thème rend compte des journées organisées par Specif à Montpellier en septembre dernier. Le bulletin retient quelques idées fortes :
Rappelons que nous avons interviewé Camille Bellissant, président de Specif, dans notre dernier numéro.
La Fnege (Fondation nationale pour l'enseignement de la gestion des entreprises) publie une étude sur l'exportation des formations au management et les NTIC. Elle s'organise en trois parties :
Disponible sur CD-Rom, pour 250 F port compris, à la Fnege
Dans le numéro 3, vol. 5 - 2000 de "Systèmes d'information et management" Jean-Louis Peaucelle (sciences de gestion Paris I), mène une recherche sur les préceptes du BPR (Business process reengineering) élaborés par Hammer et Champy. Les appliquant aux flux aléatoires de travail dans les processus administratifs, il conclut : "Si on ne tient compte ni des effets de productivité, ni des spécialisations des métiers, ni des différences de salaires, le centre d'appel, à un seul niveau, est l'organisation archétypale la meilleure en termes de coûts et délais".
Dans le même numéro :
Nous avons présenté ce concept dans notre numéro 16 (8 janvier 2001). Le Monde Informatique y consacre une page dans son numéro du 19 janvier. (NDLR: nous n'avons pu retrouver cette page sur le web, il faut donc se procurer le numéro sur papier).
La Privacy Foundation sort son Top 10 : surveillance électronique des employés de bureau, données personnelles médicales, DoubleClick, Amazon, Carnivore, Chief Privacy Officer. Guère de surprises, mais un panorama fort peu amène. La présentation de Transfert.net.
En avril prochain se tiendra le second symposium Aspic (Annual Symposium on Pliant Implementation and Concepts) dédié au langage (sous licence GPL) Pliant ...
Pas de livre majeur, mais des Actes, des sites et des revues !
L'AILF vient de publier les actes de ses journées LexiPraxi 2000.
La matinée était consacrée au pluri-linguisme, avec ses aspects techniques (standards du W3C) aussi bien que politiques, comme en témoigne la forte conclusion de Pierre Oudart, conseiller technique du ministre de la Culture :
Allons-nous inventer des solidarités "de niche", des solidarités tribales, où des langues locales, puis "microlocales" se côtoieraient ssans se comprendcre, reliées par une métalangue à base d'anglais, plus ou moins accessible selon la position sociale ? Si telle doit être l'évolution naturelle, "libérale" de langues, nous nous battrons fermement contre cette évolution... ".
L'après-midi se centrait sur libre accès au savoir, avec des interventions du CNRS, de France Télécom et une table ronde animée par Louis Weber (Attac).
(On peut se procurer ces actes pour 100 F, port compris, par chèque à l'ordre de l'AILF, 5 rue de la Boule Rouge, 75009 Paris).
Le Monde Informatique, dans le numéro du 19 janvier de son cahier "champs libres", inaugure une rubrique "sciences". Le principal article est consacré au laboratoire PCC (Physique corpusculaire et cosmologie) du collège de France.
Dans le même numéro, le journaliste Jean-Pierre Cahier mène l'enquête et, s'appuyant sur plusieurs rapports, demande "e-Europe, où va l'argent de la recherche". On y appréciera en particulier un schéma synthétique des programmes en cours.
Décidément très axé recherche, ce numéro présente aussi les travaux du projet ABI (Adaptative Brain Interface), du laboratoire italien d'Ispra.
Des ergonomes, associés à Christian Bastien, docteur en ergonomie cognitive et maître de conférences à l'université René Descartes, lancent un site dédié à l'ergonomie du web, http://www.lergonome.org. Plus de détails dans le communiqué de presse.
De la technique robotique aux impacts sociaux des nouvelles technologies ... les amis de Jean-Paul Baquiast aimeront le webzine "Automates intelligents".
Le dernier numéro (27, 12/2000) d'Inédit, organe de
l'Inria, est consacré aux mathématiques. On peut le
trouver sous forme papier, mais aussi le télécharger
(format PDF) en version
française, or if you like it, in english.
Pour en
savoir plus sur l'Inédit. Contact : Annie
Garot